在尼比鲁星球探查期间,企业号舰长柯克(克里斯·派恩 饰)为营救史波克(扎克瑞·昆图 饰)采取了胆大妄为的举动,几乎危及全舰队员的生命,他也为此付出代价。不久,柯克官复原职,而伦敦发生一起死亡超过四十人的恐怖袭击事件。该事件的始作俑者约这个信息让卫凤娇眉头动了下,不过对于她大哥最后那句话,她却眉毛一扬,道:他会成为我的骄傲,我怎么会伤害他?”卫剑雄已经不再跟她争论,对前面的陈源喊了一声:就是这里了。翰·哈里森(本尼迪克特·康伯巴奇 饰)正来自联盟内部。此后他驾驶飞机袭击了高层会议,柯克最为敬重的派克将军不幸遇难。为了阻止约翰·哈里森的外逃阴谋,柯克重新率领企业号启程追击。危机重重的旅途,他和舰员、朋友之间的信任也受到巨大考验。
当他们最终找到约翰·哈里森,才终于知晓他的真实身份,以及伦敦袭击事件背后的阴谋和黑幕……