导游带游客这天晚上。卫剑雄请陈源等人去附近的一家空中酒店吃了一顿洗尘宴,算是为陈源等人死里逃生地回来洗尘了。在场的除了他、陈源、乐小天,樱桃、卫凤娇,还有陈源之前在特别异能小组的几个队友,甚至连温侯、刀哥都来了。参观博物馆。某变种人杀手冲破了层层警戒线,意欲刺杀总统,幸好保镖关键的一炝,转危为安。关于变种人的问题,X教授(帕特里克斯图尔特 Patrick Stewart 饰)和史崔克将军发生了争执。“金刚狼”罗根(休瀠克曼 Hugh Jackman 饰)回到了X教授的训练学校,见到了昔日好友曝风女(哈莉贝瑞 Halle Berry 饰)。后来,曝风女和简接到X教授的命令,前去调查刺杀事件的主谋。此时,训练学校却遭到史崔克将军的突袭。后者还对塑料监狱服刑的万磁王(伊安麦克莱恩 Ian McKellen 饰)下手,激发其复仇之火。万磁王手下的蛇蝎女易容潜入司令部,盗取了秘密文件。在蛇蝎女的帮助下,万磁王越狱成功,对金刚狼讲述了他变身的缘由,令其大为震惊。期间,万磁王挟持了X教授,并利用催眠术实施邪恶的复仇计划……